Žmonėms, vartojantiems bisfosfonatus, gali nedaug padidėti stemplės vėžio rizika, ypač vartojant šiuos preparatus ilgą laiką. Buvo ištirti 3000 sergančiųjų stemplės vėžiu bei 15000 sveikų savanorių, visų tiriamųjų amžius viršijo 40 m. Pastebėta, kad 90 proc. sergančiųjų vėžiu vartojo kaulų tankį didinančius preparatus, tuo tarpu sveikų žmonių grupėje juos vartojo vos 345 asmenys. Buvo paskaičiuota, kad stemplės vėžio rizika padidėja išrašius bifosfonatus dešimt ir daugiau kartų arba vartojant juos ilgiau kaip 5 m.
Europoje ir Šiaurės Amerikoje sergamumas stemplės vėžiu 60–79 m. amžiaus grupėje yra 1 iš 1000 per 5 m. Sergančiųjų padvigubėja vartojant minėtus preparatus 5 m. ir ilgiau. Ištyrus 10000 sergančiųjų storosios žarnos vėžiu bei 2000 sergančiųjų skrandžio vėžiu ir nenustatė panašaus ryšio.
Mechanizmas, per kurį bifosfonatai sukelia stemplės vėžį, neaiškus. Tačiau žinoma, kad šie vaistai sukelia stemplės uždegimą, kuris greičiausiai ir paskatina piktybinio proceso atsiradimą.